一、CentOS 7 下安装 Perl1. 源码包下载2. 解压，设置源码3. 编译安装4. 调整环境变量5. 安装完成二、Windows 7 下安装 Perl2.1 安装包下载2.2 安装与设置2.3 配置cpan2.4 安装完成Perl 是一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过 100 种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。在生物信息分析领域，Perl 主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发，系统管理和 pipeline 搭建等工作。这里对 Linux（主要是 CentOS）、windows 下 Perl 的安装做一个备忘。
一、CentOS 7 下安装 Perl
1. 源码包下载在官方网站下载新版本的源码包：http://www.perl.org/get.html，我下载的是 perl-5.26.1.tar.gz。
2. 解压，设置源码$ tar zvxf perl-5.26.1.tar.gz$ cd perl-5.26.1$ ./Configure --helpUsage: Configure [-dehrsEKOSV] [-f config.sh] [-D symbol] [-D symbol=value] [-U symbol] [-U symbol=] [-A command:symbol...] -d : use defaults for all answers. -e : go on without questioning past the production of config.sh. -f : specify an alternate default configuration file. -h : print this help message and exit (with an error status). -r : reuse C symbols value if possible (skips costly nm extraction). -s : silent mode, only echoes questions and essential information. -D : define symbol to have some value: -D symbol symbol gets the value 'define' -D symbol=value symbol gets the value 'value' common used examples (see INSTALL for more info): -Duse64bitint use 64bit integers -Duse64bitall use 64bit integers and pointers -Dusethreads use thread support -Dinc_version_list=none do not include older perl trees in @INC -DEBUGGING=none DEBUGGING options -Dcc=gcc choose your compiler -Dprefix=/opt/perl5 choose your destination -E : stop at the end of questions, after having produced config.sh. -K : do not use unless you know what you are doing. -O : ignored for backward compatibility -S : perform variable substitutions on all .SH files (can mix with -f) -U : undefine symbol: -U symbol symbol gets the value 'undef' -U symbol= symbol gets completely empty e.g.: -Uversiononly -A : manipulate symbol after the platform specific hints have been applied: -A append:symbol=value append value to symbol -A symbol=value like append:, but with a separating space -A define:symbol=value define symbol to have value -A clear:symbol define symbol to be '' -A define:symbol define symbol to be 'define' -A eval:symbol=value define symbol to be eval of value -A prepend:symbol=value prepend value to symbol -A undef:symbol define symbol to be 'undef' -A undef:symbol= define symbol to be '' e.g.: -A prepend:libswanted='cl pthread ' -A ccflags=-DSOME_MACRO -V : print version number and exit (with a zero status).# 设置源码$ ./Configure -des -Dprefix=/usr/local/software/Perl-5.26 -Dusethreads -Uversiononly
3. 编译安装$ make......make[1]: *** [IO.o] Error 1make[1]: Leaving directory `/users/rmi1/build/perl-5.12.0/dist/IO'Unsuccessful make(dist/IO): code=512 at make_ext.pl line 449.make: *** [lib/auto/IO/IO.so] Error 2
如果在 make 编译过程中出现如上报错，请参考 Make error when compiling Perl 5.12.1 (RHEL 5.5) 执行下面操作：
$ make clean$ unset C_INCLUDE_PATH$ ./Configure -des -Dprefix=/usr/local/software/Perl-5.26 -Dusethreads -Uversiononly$ make
继续验证编译，执行安装：
$ make test$ make install # 命令完成后，基本安装就完成了
4. 调整环境变量在 ~/.bashrc 中把 perl 添加到 PATH 中，然后 source ~/.bashrc 刷新。
export PATH="/usr/local/software/Perl-5.26/bin:$PATH"
5. 安装完成$ perl -versionThis is perl 5, version 26, subversion 1 (v5.26.1) built for x86_64-linux-threadCopyright 1987-2017, Larry WallPerl may be copied only under the terms of either the Artistic License or theGNU General Public License, which may be found in the Perl 5 source kit.Complete documentation for Perl, including FAQ lists, should be found onthis system using "man perl" or "perldoc perl". If you have access to theInternet, point your browser at http://www.perl.org/, the Perl Home Page.
查看 perl 配置汇总信息：
$ perl -V # 该命令会把对应 perl 配置、模块路径所有信息汇总打印出来Summary of my perl5 (revision 5 version 26 subversion 0) configuration: Platform: osname=linux osvers=2.6.32-696.10.1.el6.x86_64......Built under linux Compiled at Sep 17 2017 16:35:49 @INC: /usr/local/software/Perl-5.26/lib/perl5/site_perl/5.26.1/x86_64-linux /usr/local/software/Perl-5.26/lib/perl5/site_perl/5.26.1 /usr/local/software/Perl-5.26/lib/perl5/5.26.1/x86_64-linux /usr/local/software/Perl-5.26/lib/perl5/5.26.1
二、Windows 7 下安装 Perlwindows 下的 Perl 安装推荐使用 ActivePerl（https://www.activestate.com/products/activeperl/），安装步骤如下。
2.1 安装包下载在这里我们下载 64-bit 的 Perl-5.26.3。
2.2 安装与设置ActivePerl-5.26.3.2603-MSWin32-x64-a95bce075.exe 安装包下载完后，我们直接点击进行安装。
选择 “Custom” 自定义安装：
自定义安装路径：
把 Perl 添加到系统环境变量：
Perl 安装完成后，我们在 DOC 命令行输入 perl -V，可以看到详细的相关信息：
如果我们在安装过程中没有勾选把 Perl 添加到系统环境变量，DOC 中直接执行 perl -V 会出现 “‘perl’ is not recognized as an internal or external command” 提示，这时候我们需要手动把 perl 添加到 Windows 的系统环境变量中就可以了。
2.3 配置cpan为了更好对 Perl 进行扩展，方便以后的模块安装，我们最好配置一下 cpan。ActivePerl 有个好处就是在初始化 cpan 的时候会自动把 dmake、gcc、g++、mingw32-make 等 windows 常用的编译工具一起安装到 “$Dprefix/site/bin“ 目录下，免去了我们手动安装这些编译器的各种麻烦。
2.4 安装完成到这里，windows 下的 ActivePerl（perl-5.26）就安装完成了！